El tomate abre un capítulo especial dentro de la historia de la pizza.
La literatura romana y griega muestra como el empleo de panes planos es muy típico de las culturas mediterráneas, y tal y como se describe el pan y el queso ya existían anteriormente como alimento combinado. Se sabe que los etruscos aliñaban sus panes planos con diversos ingredientes (olivas, pasas, hierbas aromáticas, etc.) con el objeto de ser servidos durante las comidas. Los panes planos existentes en la peninsula italiana son: schiacchiata, piadina, farinata y panelle. Todos ellos son panes planos originarios de la pizza, pero uno de los panes que suelen apuntar los historiadores es el laganae que posteriormente se conoció como picea. El tomate llega a Italia en bajeles españoles en el año 1554.
Tal y como se ha mencionado, siglos antes el tomate fue uno de los ingredientes incororporados tardíamente a la pizza. Esta fruta había sido traído a Europa tras el descubrimiento de América procedente de las regiones del actual Perú, y ya en el siglo XVI aunque presente en las plantaciones europeas no se comía por la creencia de que era venenoso (así como otras frutas de la familia de las Solanaceae). No obstante fue empleado como alimento en Italia en el año 1544, por primera vez y se denomina pomi d’oro (‘manzana de oro’). Sin embargo es a finales del siglo XVIII en las áreas pobres de los arrabales de Nápoles cuando se añadió tomate a un pan plano elaborado con levadura y de esta manera nació la pizza. Es posible que el deseo de innovación, o incluso la simple necesidad, fuera el origen de añadir salsa de tomate en su parte superior sobre un pan plano convirtiéndose en la pizza que conocemos en la actualidad. La pizza ganó popularidad y pronto se convirtió en una atracción de las personas que venían desde fuera a visitar la ciudad y que se aventuraban a entrar en las zonas pobres a probar esta especialidad local.
Se sabe que antes de la llegada del tomate a Italia, los napolitanos preparaban lo que hoy en día se denomina «pizza blanca» elaborada con ajo, perejil y aceite de oliva. En algunas ocasiones se empleaba un queso denominado caciocavallo (queso elaborado en aquella época con leche de yegua y que hoy en día se elabora con leche de búfala), o con un pequeño pescado denominado cecenielli («Pizza con i cecenielli»). Algunos historiadores se aventuran a decir que la aparición del tomate en las denominadas pizzas blancas se debe a la competencia que querían hacer los vendedores de pizzas a los vendedores de spaghetti (que ya ponían tomate en sus platos). Este casamiento entre el pan plano y el tomate en forma de salsa se produce a comienzos del siglo XVIII. La famosa pizza marinara data de 1734.
Se piensa que la palabra «pizza» proviene de pinsa, participio pasado del verbo latino pinsere, que significa ‘machacar’, ‘presionar’, ‘aplastar’. Esta descripción etimológica hace referencia a la manera de elaborar la masa de la pizza, así como a su origen en una forma de pan plano, aplastado sobre el piso del horno.